Beziehung zu Jim Hutton und Rückkehr nach London (1985–1989)
1985 zog Mercury in sein neu eingerichtetes Haus „Garden Lodge“ am Logan Place 1 im Londoner Stadtteil Kensington. Von 1985 bis 1991 war Jim Hutton sein Lebenspartner. Dieser hielt ihm bis zum letzten Tag die Treue und zog nach Mercurys Tod zurück in seine Heimat Irland. Hutton (* 1949) war selbst HIV-infiziert und starb am Neujahrstag 2010.
Im Februar 1987 erschien Mercurys Aufnahme des aus den 1950er Jahren stammenden Platters-Titels The Great Pretender als Single (der B-Seiten-Titel Exercises in Free Love wurde später auch als Duett mit der spanischen Opernsängerin Montserrat Caballé veröffentlicht). Mercury trat damit im März 1987 in der von Mike Krüger moderierten ARD-Fernsehsendung Vier gegen Willi auf. Die Platte erreichte den 4. Platz in den britischen Charts. Roger Taylor steuerte für die Backing Vocals seine charakteristische Stimme bei. Im Mai 1987 erfüllte sich Mercury einen langgehegten Traum und trat mit Caballé im Ku-Club auf Ibiza auf. Im Oktober erschien die gemeinsame Single mit der Hymne Barcelona, die vom NOK als Erkennungsmelodie für die Olympischen Sommerspiele 1992 in Barcelona gewählt wurde. Im Rahmen einer Benefizvorstellung des Musicals Time am 14. April 1988 im Londoner Dominion Theatre sang Mercury vier Lieder, teils gemeinsam mit Cliff Richard, dem Hauptdarsteller des Musicals. Dieses war der letzte Bühnenauftritt, bei dem Mercurys Gesang live zu hören war.
Im Oktober 1988 erschien das Album Barcelona als gemeinsames Projekt von Mercury und Caballé. Alle Titel wurden von Mercury und Mike Moran geschrieben. Die Texte von The Fallen Priest und The Golden Boy stammen von Tim Rice, der von Ensueño von Caballé. In How Can I Go On spielte John Deacon Bass. Die Lieder sind, ob nun dramatisch oder eher melancholisch-romantisch, von teils opernhaftem Charakter. Das Album war vier Wochen in den britischen Charts und erreichte Platz 25. Der Titel Exercises in Free Love wurde nur auf Maxisingle veröffentlicht. Am 8. Oktober 1988 trat Mercury beim Konzert La Nit mit Caballé in Barcelona auf, die Musik kam hier vom Band.
Letzte Studioalben (1989–1991)
Im Mai 1989 erschien das Queen-Album The Miracle. Den Titel bezogen manche Fans zunächst auf die Gerüchte, dass sich die Mitglieder der Band eigentlich trennen wollten und trotzdem noch einmal für ein gemeinsames Projekt zusammengefunden hatten. Erst später sollte sich herausstellen, dass das Wunder darin bestand, dass Freddie Mercury trotz seiner fortgeschrittenen AIDS-Erkrankung bis zuletzt, wenn auch unter immer schwierigeren Umständen, im Studio arbeitete und so Material für zwei weitere Platten zur Verfügung stellte.
Im Februar 1990 wurden Queen mit dem Brit Award für ihre herausragenden Leistungen geehrt. Mercurys Auftritt bei diesem Ereignis gab zu weiteren Spekulationen über seinen Gesundheitszustand Anlass, er sprach – nachdem Brian May die Dankesrede gehalten hatte – nur ein kurzes „Thank you! Good night!“ ins Mikrofon.
Im Februar 1991 wurde das Queen-Album Innuendo veröffentlicht. Der Titel („Anspielung
, Andeutung“) ist Programm für die Songs des Albums, was aber erst nach Mercurys Tod klar wurde: I’m Going Slightly Mad (Mercury), These Are the Days of Our Lives (Taylor) und vor allem The Show Must Go On (May). Dass Mercury trotz allem seinen Humor nicht verloren hatte, ist sowohl in seinem Song Delilah, einer Liebeserklärung an eine seiner Katzen, als auch in dem Video zu I’m Going Slightly Mad zu erkennen. Bei All God’s People war Mike Moran Co-Autor, der zusammen mit Mercury die Lieder zu dessen Solo-Projekt mit Caballé geschrieben hatte.
Im selben Monat erfolgten die dreitägigen Dreharbeiten für den Videoclip zu I’m Going Slightly Mad. Mercury konnte seinen schlechten Gesundheitszustand kaum vor den Technikern verbergen. Immer wieder musste er sich unter dem Vorwand, dass ihm sein Knie zu schaffen mache, in seiner Garderobe hinlegen. Auch in These Are the Days of Our Lives, der am 30. Mai 1991 produzierten letzten Filmaufnahme Mercurys, kann man seinen fortgeschrittenen gesundheitlichen Verfall erkennen.